Понимаю, что уже поздновато писать это предложение, когда уже больше полу миллиона постов опубликовано, но все же.
При детальном рассмотрении структуры тредов столкнулся с тем, что существует крайне много дублирований одних и тех же файлов (каждая загрузка = уникальный файл). В этом нет ничего страшного: у каждого из нас есть излюбленные картинки и видеофайлы, которые мы загружаем по 10 раз подряд. Быть может стоит попробовать собирать информацию о размере файла + md5 его хэша? Чтобы вместо загрузки нового файла происходила автозамена на уже существующий файл в каталоге.
Понимаю, что это несколько геморное решение, требующее осмысления, но в то же время оно способно предотвратить неоправданное разрастание каталога.